Institut Agama Islam Sukabumi terdiri dari 4 Fakultas dan 8 Program Studi.
- Fakultas Ushuludin: Program Studi Ilmu Al-Qur’an dan Tafsir
- Fakultas Tarbiyah: Program Studi Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah, dan Manajemen Pendidikan Islam.
- Fakultas Dakwah: Program Studi Bimbingan Konseling Islam, dan Komunikasi Penyiaran Islam.
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam: Program Studi Ekonomi Islam, dan Perbankan Syariah.